南昌市教育考试院内设六个职能科室。
（一）办公室
负责协调党支部和行政日常工作，负责文秘会务、档案机要、党群、新闻宣传、后勤保卫、财务、国有资产管理、人事编制、劳动工资和离退休人员管理服务工作。
（二）普通高校招生科
负责普通高校招生考试和硕士研究生招生考试的宣传、咨询、信访工作，负责组织全市各县（区）实施普通高校招生考试的报名、政审、体检、建档、组考等工作，负责普通高考的美术与设计学类专业统考的组考工作，配合省教育考试院做好普高体育专业考试工作，负责空军、海军和民航招收飞行员的宣传、报名、体检、保苗等工作，负责普通高校招生享受优惠政策资格的审查工作和协助省教育考试院做好招收保送生确认录取工作，负责组织全市各县（区）进行高职扩招的宣传、报名工作，负责南昌市教育考试院报名点硕士研究生招生考试的网报信息确认、数据统计和组考工作。
（三）成人高校招生与社会考试科
负责组织实施全市成人高校招生的报名、考试工作；承担省教育考试院交办的各类非学历证书社会考试工作；负责成人高校招生考试与社会考试宣传及科研工作。
（四）自学考试科
负责全市自学考试的政策咨询、社会助学管理、考籍、档案管理、毕业证核发、宣传及科研工作，负责组织实施全市自学考试的报名、考试工作。
（五）中等学校招生考试科
参与拟订全市中等学校招生、考试政策，负责组织全市中等学校、普通高中招生考试的实施工作，负责中等学校、普通高中招生考试宣传及科研工作；负责拟订全市普通高中学业水平考试工作的指导性文件并组织实施，负责全市普通高中学业水平考试的组考、考务及管理工作，办理普通高中学业水平考试成绩转迁及管理工作，协助省教育考试院做好普通高中学业水平考试考籍管理、质量监控与考试评价工作。
（六）信息科
负责本院各类网络信息系统的建设、维护、信息安全和管理，组织全市招生考试管理软件的开发、完善和应用培训指导。
